Bakterilerde konjugasyon, hücre temasıyla bakteriler arasında meydana gelen genetik özellik aktarımıdır. Bu süreç, yatay gen transferi mekanizması olarak işler. Genellikle üremenin benzeri olarak değerlendirilse de, burada eşey hücrelerin birleşmesi ve zigot oluşması söz konusu değildir. Sadece verici hücreden alıcı hücreye genetik materyal aktarılmaktadır. Bakteri konjugasyonunun gerçekleşebilmesi için, verici olan bakterinin konjugatif olması, yani hareket ettirilebilir genetik unsura sahip olması gerekir. Bu genellikle konjugatif plazmit olarak bilinir. Bu plazmitler, alıcı hücredeki benzer mekanizmalarla etkileşime girer.

Genetik bilginin aktarılması, alıcı hücreye çeşitli avantajlar sağlayabilir. Örneğin, hücreye antibiyotik direnci kazandırabilir veya ortamdaki besin maddelerini sindirebilecek enzimlerin sentezlenmesine yardımcı olabilir. Ancak bu genetik unsurlar, bakterinin genetik parazitleri olarak da kabul edilebilir. Konjugasyon, bu genetik unsurların kendilerini yeni konaklara aktarabilmesi için evrimleşmiş bir mekanizma olarak düşünülebilir.

Konjugatif plazmidlerin prototipi F plazmididir (F faktörü). Bu plazmitler, bakteri kromozomuna entegre olma yeteneğine sahiptir. F plazmidinin, "oriT" olarak adlandırılan bir replikasyon başlangıç noktası bulunur. Bir bakteride entegre olan ya da serbest bulunan tek bir F plazmidi olabilir. Bu bakterilere F pozitif denir. F plazmidi, "trb" ve "tra" olarak adlandırılan bölgelerden oluşur. 33 kilobaz çifti uzunluğunda olup, yaklaşık 40 gen içerir. "Tra" bölgesinde pilus geni ve düzenleyici genler bulunur. Bu genler, F negatif bakterilere bağlanan pilusların oluşmasını sağlar.

Bakteri konjugasyonu başladığında, "relaksozom" adı verilen bir protein kompleksi, "oriT" bölgesinde DNA'ya çentik atar. F plazmid sisteminde relaksozom, TraI, TraM, TraY ve konak faktörü IHF'den oluşur. Tek sarmallı DNA transfer edildiğinde çift sarmaldan ayrışır ve alıcı bakteriye 5' ucundan 3' ucuna doğru aktarılır. Geriye kalan sarmal, replikasyon yoluyla tamamlanır. Konjugasyon, bağımsız veya eş zamanlı replikasyonla gerçekleşebilir.

Eğer F plazmidi konak genomuna entegre olmuşsa, verici bakterinin kromozom DNA'sı ile plazmid DNA'sı birlikte aktarılabilir. Kromozomla birlikte aktarılan DNA miktarı, bakterilerin temas ettiği süreye bağlıdır. DNA transfer edildiğinde, rekombinasyon yoluyla alıcı genoma entegre olur.

F plazmidi entegre olmamış hücre kültüründe genellikle 1-2 hücrede plazmid kromozoma entegre olur. Bu nadir görülen kromozomal gen transferinden sorumlu olur. Entegre F plazmidi taşıyan bakteri suşları izole edilerek saf kültür halinde çoğaltılabilir. Eğer bu suşlar verimli şekilde aktarılırsa, Hfr (yüksek frekanslı rekombinant) olarak tanımlanır.